Terbentuknya Kecamatan Bungaraya sebagai institusi yang berperan penting menjalankan roda pemerintahan dan pemberdayaan serta pembangunan masyarakat merupakan perpanjangan tangan dari pemerintah Kabupaten Siak dan aspirasi masyarakat yang bermanfaat untuk mempermudah dalam hal pelaksanaan kepengurusan administrasi serta lebih memperdekat antara pemerintah dengan rakyat yang diperintahnya.

Kecamatan Bungaraya yang posisi pusat pemerintahannya berada di Kampung Bungaraya merupakan kecamatan penyangga dari pusat Pemerintahan Kabupaten Siak yakni Siak Sri Indrapura yang berjarak ± 25 Km, dapat ditempuh melalui jalur darat maupun sungai. Posisi strategis ini tentunya menuntut Kecamatan Bungaraya untuk dapat lebih berbenah diri dalam memperkuat bidang pemerintahan, pembangunan, keagamaan maupun sosial kemasyarakatan.

Kecamatan Bungaraya merupakan pemekaran dari Kecamatan Sungai Apit pada tahun 2001, berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Siak Nomor 13 tahun 2001. Adapun jumlah kampung yang ada di Kecamatan Bungaraya pada awal berdirinya yaitu 14 (empat belas) kampung, yang terdiri dari: Kampung Bungaraya, Jayapura, Jatibaru, Sungai Berbari, Sungai Limau, Dosan, Benayah, Pebadaran, Dusun Pusaka, Perincit, Tuah Indrapura, Buantan Lestari, Langsat Permai, dan Kemuning Muda.

Namun seiring dengan semakin berkembang dan meningkatnya kebutuhan pelayanan kepada masyarakat, maka dikeluarkanlah Perda Kabupaten Siak No. 8 Tahun 2007 Tentang Pembentukan Kecamatan Pusako yang merupakan pemekaran dari Kecamatan Bungaraya. Hal ini bertujuan untuk memperpendek rentang kendali pemerintahan sehingga lebih mendekatkan pelayanan kepada masyarakat. Akibat dari kebijakan tersebut, kampung yang berada di Kecamatan Bungaraya dipecah menjadi dua, Yakni Kampung Bungaraya, Jayapura, Jatibaru, Tuah Indrapura, Buantan Lestari, Langsat Permai dan Kemuning Muda merupakan bagian dari Kecamatan Bungaraya, dan kampung selebihnya bergabung dengan Kecamatan Pusako.